O primeiro visitador do Santo Oficio chega à Bahia em junho de 1591, o desembargador Heitor Furtado de Mendonça chegara com a impressão causada pelas leituras dos relatos feitos por Nóbrega sobre o Brasil, onde “não se guarda um só mandamento de Deus e muito menos os da Igreja”. A notícia da presença do Santo Oficio deixou a população em pânico.O Brasil seria uma terra sem leis tanto religiosas, quanto administrativas.
A falta de fé e de obediência certamente representava para o poder papal uma derrota no campo da conscientização e da formação de uma sociedade que deveria ser adepta aos preceitos católicos o que facilitaria a centralização do poder estatal, que estava aliado à Igreja, na reconstrução do modelo de estado português na colônia.Sonia Siqueira afirma que a Igreja tinha interesse em “integrar o Brasil no mundo cristão” e descobrir “onde se calcava a fé de nossos moradores”.
A população colonial era em sua maioria analfabeta, desregrada, sofria com a falta de mulheres brancas e realmente não se tocava às sublimidades dos ensinamentos da Igreja, diversas vezes ridicularizados e raramente seguidos. Podemos citar como exemplo rápido a ocasião em que mesmo antes das visitas, em 1546, Pero do Campo Tourinho, donatário da capitania de Porto Seguro foi denunciado à Inquisição de Lisboa simplesmente por ter dito que em suas terras quem mandava era ele, ele seria o “papa”em sua propriedade, e não deveriam ser respeitados os domingos e dias santos, pois não se poderia perder dia de trabalho.Era comum aos colonos amaldiçoarem santos e maldizerem os sacramentos. Aos jesuítas muitas vezes era necessário afastar os nativos dos colonos, para que esses não assimilassem seus hábitos e vice-versa, dada à visão demoníaca que inicialmente a Igreja fez da poligamia e do antropofagismo dos índios, e do proveito que tiravam os colonos dos nativos, que sofriam com a falta de mulheres brancas.
As práticas desregradas na colônia chegaram a ser tidas como doutrina, o “Ultra equinoxialem non peccatur”, a idéia de que não existia pecado ao sul do equador, onde colonos e degredados viviam às fornicações, sodomia, adultérios e incestos.Esses comportamentos fizeram alguns acreditar que o próprio nome Brasil estaria associado a essa idéia, pois a figura da brasa quente como o inferno, vermelha como a madeira, produto que daria o nome ao país teria substituído o nome inicialmente adotado de “Terra de Santa Cruz”.
Esse tipo de comportamento pode também ser fruto de uma administração mal organizada, ineficiente, a confusão de funções e competências, a complexidade dos órgãos, o excesso de burocracia faziam com que o poder estatal fosse praticamente nulo, não imprimindo à sociedade nenhum tipo de senso moral coletivo.A falência do estado permitia a ingerência da Igreja na formação de uma conduta moral rígida, e a Inquisição entra em cena praticamente quando a situação da moral, ou da falta dela já era consolidada na colônia e a imagem demoníaca da vida cotidiana estava vinculada à idéia de um mundo novo a ser civilizado.
A expansão do poder papal sobre uma colônia em desenvolvimento, e a possibilidade de sua inserção no sistema católico é apontado como um dos fatores que levaram a Inquisição a estender seu braço sobre os domínios tropicais. Isso representaria a reprodução do estado português na colônia, fato que deveria ocorrer em todas as instancias.Para garantir o poder de seu controle de repressão, o Estado e a Igreja dispunham entre outros artifícios dos sermões, onde eram transmitidas as idéias de céu e inferno, que aterrorizava os colonos com a possibilidade da danação eterna
Porém, Anita Novinsky nos mostra outra visão referente ao assunto em detalhado estudo a partir da leitura dos processos que a Inquisição realizou no Brasil nos séc. XVI e XVII. Segundo dados recolhidos pela autora, o principal crime de que foram acusados os brasileiros e portugueses residentes no Brasil pela Inquisição, teria sido o da prática do judaísmo, (dos 1.067 prisioneiros relatados no livro, 46,13% dos homens e 89,92% das mulheres foram acusados de judaísmo o que nos obriga a acrescentar uma idéia à teoria de que o Brasil era uma terra sem leis e de certa forma carente de regras de moralização, era também terra de negócios lucrativos, e com a presença de cristãos novos oriundos da própria península
Analisando os dados sobre as pessoas que foram denunciadas, presas, julgadas e sentenciadas podemos ver uma predominância de mercadores e agricultores (27,76%) sobre as outras ocupações liberais e artesãos (12,86%, o que pode demonstrar uma certa pré - disposição à procura de possíveis hereges nas áreas em que os judeus oriundos da Espanha, expulsos em 1492 pelos reis católicos, estavam mais presentes.Esses boatos de prosperidade colonial também ecoavam na metrópole e isso pode ter aguçado a ganância dos reis Filipes que sabiam da quantidade de comerciantes e senhores de engenhos bem estabelecidos na região, muitos de origem judaica.Os cristãos novos que aqui estavam tinham ligações comerciais com os paises baixos, e os holandeses que estavam em guerra com a Espanha incomodavam a Coroa, que assumia o trono português em 1580.Chegou a ser cogitado em 1621 que se estabelecesse um tribunal da Inquisição no Brasil, assim como havia em Lima (1570), e no México (1571), mas o Brasil ficou livre não só do seu próprio tribunal, mas inclusive do auto da fé, espetáculo de execução e julgamento popular muito apreciado e repetido nos domínios do Santo Oficio.
> Muitas práticas modernas conhecidas na agricultura da cana, por exemplo, não eram aplicadas, o que demonstrava apenas o interesse exploratório comercial da colonização e conseqüentemente seu atraso imposto pela metrópole.Apesar da “brandura” vista na Inquisição no Brasil por alguns historiadores, apenas a sua presença e o interesse despertado pela colônia tem um significado simbólico muito forte e deve ser considerado no contexto da arbitrariedade da Igreja e da incompetência do Estado.
