Para combater as heresias que se erguiam frente aos dogmas católicos, o papa Gregório IX criou em 1231 os Tribunais do Sato Oficio da Inquisição, cuja função era identificar e excluir da sociedade possíveis elementos desagregadores e contestadores da ordem cristã, assim como garantir o seu funcionamento. Os julgados e condenados pela Inquisição eram entregues às autoridades administrativas do Estado, que se encarregavam da das sentenças. As penas variavam desde confisco de bens até a morte em fogueiras, onde vigorava o braço secular, na execução dos condenados pelo próprio povo.
O interrogatório era marcado pela tortura, instrumento de terror muito comum na época, mas não livre de contradições.O Manual dos Inquisidores, espécie de guia pratico do oficio inquisitorial, escrito em 1376 pelo dominicano espanhol Nicolau Eymerich, depois revisto e atualizado em 1578 por Francisco de La Peña, reza que: “A finalidade da tortura é obrigar o suspeito a confessar a culpa que cala. Pode se qualificar de sanguinários todos esses juizes de hoje, que recorrem tão facilmente à tortura, sem tentar, através de outros meios, completar a investigação. Esses juizes sanguinários impõem torturas a tal ponto que matam os réus, ou os deixam com membros fraturados, doentes para sempre. O inquisidor deve ter em mente que o acusado deve ser torturado de tal forma que saia saudável para ser libertado ou executado”.
A Inquisição em Portugal foi instaurada a pedido do próprio rei D.João III em 1536, e compreende um mistério historiográfico dos mais obscuros e paradoxais até hoje, pois D.João III sabemos financiava estudos em outros países e incentivava as pesquisas de campo,( o que demonstraria o interesse por novas idéias) mas para uma maior centralização de seu poder teria optado pela adoção da inquisição, que insistia em afirmar os preceitos da escolástica,que pregava o saber Aristotélico, baseado em comentar obras tidas como referenciais e incontestáveis.A Inquisição agiu durante 285 anos em Portugal, sendo eliminada apenas em 1821.
Assim sendo, fica claramente declarado o poder de controle moral e de comportamento que representavam a Igreja e a Inquisição,que através do medo e do terror muitas vezes conseguia inventar culpados, pois além de sustentar sua própria estrutura com os tributos e confiscos, precisava conquistar territórios e reafirmar os dogmas católicos abalados pelas idéias surgidas com as novas interpretações da bíblia feitas na Europa na chamada Reforma Religiosa.
Porém devemos aqui apontar a diferença existente entre a Inquisição que de uma forma geral agiu sobre Itália, França e Alemanha e as Inquisições portuguesa e espanhola. Estas últimas especializaram–se em perseguir os chamados cristãos-novos, que eram judeus convertidos muitas vezes apenas para escapar das condenações, e eram perseguidos por continuarem praticando costumes judeus e ainda judaizantes, (os chamados marranos) o que era considerado não só uma heresia, mas uma possível ameaça representada pelo crescimento da burguesia que queria sempre ascender à nobreza.O poder estatal e o poder papal configuravam uma aliança de forte poder sobre a sociedade da época, o que fortalecia mutuamente a Igreja e a Coroa. Se em um primeiro momento a Inquisição se preocupava exclusivamente com os cristãos que desobedeciam as regras da Igreja, de maneira tardia em Portugal essa preocupação se estendeu a esses convertidos à força, e seus descendentes de maneira mais branda.